Merge remote-tracking branch 'gl/develop' into develop

Merge branch 'feature/time-server/EVA-2020-02' into develop

feat(doc/time/README):Add instructions setting up chrony client

- Note: In other words: add instructions to configure a separate
  machine to use Ninfacyzga-1 NTP time server.

chore(TODO):Add task to maintain files in /dev/shm

fix(exec):Camera script and daily job script

chore(exec):Make recently created scripts executable

style(exec):Simplify nfg_run_daily_jobs.sh

Merge branch 'develop' of https://zdv2.bktei.com/gitweb/ninfacyzga-01 into develop

feat(exec):Add script to run daily executables of nfg repo

fix(exec/photograph):Increase while loop delay from 10s to 60s

- Note: battery life is the issue here.

Merge branch 'develop' of https://zdv2.bktei.com/gitweb/ninfacyzga-01 into develop

feat(exec/photograph):Add photographing script

feat(exec):Add sleepRand.py

- Note: sleepRand.py pauses activity for random amounts of time using
  an inverse gaussian distribution.

feat(lib/EVA-2020-02-2):Add dew point temperature display modec

fix(lib/EVA-2020-02-2):Fix abs humid display units to g/kg

Merge branch 'develop' of https://zdv2.bktei.com/gitweb/ninfacyzga-01 into develop

feat(lib/EVA-2020-02-2):Add absolute humidity mode

feat(doc):add process flow diagram for planned sensor data mgmt

chore(lib):Flip pimoroni enviro display vertically

- note: needed now that vertical stands being used for devices

fix(lib:EVA-2020-02-2):Add delay to pimoroni initial sensor reading

chore(exec:pimoroni):Add symlink to enviro-mini pyscript in submod

feat(lib):Move custom pimoroni to personal git server

Merge branch 'develop' of https://zdv2.bktei.com/gitweb/ninfacyzga-01 into develop

feat(lib):Add pimorni enviroplus python repo as submodule

update(TODO):

update(TODO):Add task to store data with sensor ontology

chore(doc/time/README):Misc proofread corrections

chore(TODO):Update task list

remove(exec/bkplog):Retire old pressure logging script

Superceded by `python script.py | bklog`.

chore(TODO):Update task list

remove(exec/bkgpslog):Remove unused location logging script

`bkgpslog` has been superceded by `gpspipe | bklog`.

chore(exec/temp):Fix CSV fields in stdout output

fix(exec/bklog):Add kill switch if `while read` returns empty buffer

Such as may occur if EOF condition experienced by `while read`

fix(exec/temp):Handle exception from poll script's read function

Script was exiting early. Adding exception handling in case
`read_temp()` fails.

chore(exec/temp):Slow temp log period to 10s

fix(exec/temp):Remove buffer from poll py script to enable piping

fix(exec/temp):Reduce socket calls for hostname

feat(exec/temp):Log hostname in polling script

fix(exec/temp):Make temp poll script executable

feat(exec/temperature):Add poll py script, update README

Add links to wiring instructions

chore(TODO):Note need to create script to handle file encryption

doc(temp/README):Initialize README for temperature logging

Add datasheet for digital one-wire sensor

chore(TODO):Update

fix(doc):Enforce relative paths in org files, misc fixes

feat(doc/time/README):Replace ntpsec/ntp with chrony

Change initial startup procedures so that `chrony` is used instead of
`ntp` or `ntpsec`. `chrony` seems to be more appropriate for devices
that may experience intermittent unexpected shutdowns which
~ninfacyzga-1~ devices now currently experience (being basically
internet-of-things devices).

fix(doc/setup/README):Add more details for SSH login

Note commands to be used when setting up multiple newly formatted
Raspberry Pi OS SD cards; the default hostname causes `ssh` to
complain.

chore(README):Update main readme.

chore(doc/location):Remove old exported README cruft

Merge branch 'feature/bash-logging-filter/BK-2020-02' of https://zdv2.bktei.com/gitweb/ninfacyzga-01 into feature/bash-logging-filter/BK-2020-02

doc(doc/time):Document time tracking setup

Also:

- Add TODO item to use `chrony` instead of `ntpsec`

- Modify `/doc/setup/README.org` to note need to disable bluetooth

- Modify `/doc/location/README.org` to note possible need to modify
`gpsd` configuration file again in order to provide ~pps~ signal to a
time tracking program such as ~ntpsec~.

Merge branch 'develop' into feature/time-server/EVA-2020-02

doc(time):Prpeare update for README

doc(time/README):Add working ntp.conf file and refs

doc(setup):Note need to install gpsbabel

doc(location/README):Note how to enable serial port for gpsd

fix(exec/bklog):Fix missing semicolon

fix(exec/bklog):Fix --no-store-raw option

Removed extra `shift`.

doc(setup):Note how to connect remotely to Syncthing WebUI

doc(setup):Note how to start syncthing automatically

doc(setup):Note how to change time zone

chore(exec):Clean up dirs for age exec

exec(age):Add binary for linux-arm version of age

doc(location):Update README

doc(setup):Update README with physical setup

doc(setup):Update README with SSH, git, and age details

feat(exec):Add age binary

Obtained from https://github.com/FiloSottile/age/releases/tag/v1.0.0-beta2

doc(setup):Use zdv2.bktei.com instead of gitlab.com for repo

doc(various):Move common setup instructions to dedicatd README

Move common setup instructions from `location` to a `setup/README.org`
file.

Note: Not all instructions moved over yet

chore(doc/time):Add ref for PiZ time server setup

chore(doc/time):Update README

doc(time):Create README for time server setup

Start documentation process for making `ninfacyzga-01` a time server
that uses satellite GPS data.

doc(location):Add NMEA sentence descrip; bklog:init time style

doc(bklog-plan): Add TODO feature: config file parsing

feat(README):Convert main README to org file from markdown

doc(bklog-plan):Note possible future feature: user config file

fix(bklog):Update plan, bump version (bklog working)

Complete fix for `bklog` duration string bug.

fix(bklog):Fix initial edge case bug in duration time

fix(bklog):Fix flip-flopped buffer start/end timestamps

debug(bklog):Testing duration code

debug(bklog):Debugging duration code

fix(bklog):Fix gap in duration times

Gap caused by not accounting for synchronous calcs between timestamps
marking duration. Using method planned in `bklog-plan.org`.

fix(bklog):timeDuration():Fix duration 0 error.

Duration of "0" was erroneously being converted to "P" instead of
"PT0S".

doc(bklog-plan):Add TODO item:account for input script failure

Merge branch 'develop' into feature/bash-logging-filter/BK-2020-02

debug(bklog):Fix SECONDS advancing

debug(bklog):Add minor debug msg

debug(bklog):Add debug messages

bklog is malfunctioning. Adding debug messages.

fix(bklog):Fix buffer drift via SECONDS

==Change 1==
Fix drift in when bklog starts reading data via `while read` by
enforcing buffer termination when SECONDS (script variable that
increments every second) rises above a number determined by the
current bufferRound number and bufferTTL.

==Change 2==
Also initially advance SECONDS so it aligns with the remainder of
dividing the current seconds remaining in the day by bufferTTL. The
result should be that, if the user specifies a bufferTTL value that is
a clean fraction of a time element (ex: a bufferTTL of 5 minutes = 300
seconds), then each buffer round should start at a clean fraction of
absolute time with respect to the day (ex: 02:05, 02:10, 02:15,
etc.). This may assist searching through saved files since instead of
files named:

20200714T000019+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T000521+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T001023+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T001525+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T002027+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T002529+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T003031+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T003533+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age

they will be named something more like:

20200714T000000+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T000500+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T001000+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T001500+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T002000+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T002500+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T003000+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age
20200714T003500+0000--PT5M0S..hostname_location.nmea.gz.age

==Change 3==

Fix how the ISO-8601 duration string is calculated. Instead of using a
fixed value of `bufferTTL` seconds, record the epoch start and end
times (in seconds since 1970-01-01) of the main data gathering loop
and then calculate the difference. Now, actual deviations in buffer
gathering durations (ex: the first buffer round will likely be shorter
than a normal one) will be accurately represented.

doc(bklog-plan):Add TODO task: correct drift of SECONDS

fix(bklog):Add 2nd try to checkMakeTar() if tar --list fails

doc(exec):Create coding plan for bklog, retire bkgpslog plan

Create coding plan for `bklog` at `exec/bklog-plan.org`.

Retire coding plan for `bkgpslog` at `exec/bkgpslog-plan.org`.

doc(bklog):Update location readme with bklog details

chore(bklog):Update vbm() to include script name

fix(pressure):bmp388.py:Make executable

doc(pressure):Note python-smbus dependency for bmp388.py script

feat(pressure):Add python script for outputting pressure to stdout

fix(bklog):Fix debug and status messages

test(bklog):Uncomment cleanup line since script functional

Use of appendFileTar() to append a file to a tar using the file's same
location as a temporary working file caused problems. More direct
'eval' command string formation and 'tar --append' usage solved empty
file problem.

debug(bklog):Test tar --append

debug(bklog):Test more direct tar --append operation